Letak geografis wilayah pelayanan Jemaat "Bethania", Gereja Protestan Maluku (GPM), Anggota PGI, Klasis Kota Ambon, yang berada di jantung kota Ambon, telah menempatkan jemaat ini sebagai salah satu jemaat tertua di kota Ambon yang terletak di antara Jemaat GPM Silo dan Jemaat GPM Bethel. Dalam perjalanan pelayanannya, Jemaat Bethania sebagai jemaat induk telah melahirkan Jemaat Ebenhaezer, Jemaat Syalom, Jemaat Getsemani, Jemaat Sion, Jemaat Eirene dan Jemaat Pniel. Hal ini dikarenakan tuntutan dalam rangka effektivitas pelayanan yang dirasakan kian hari menjadi semakin kompleks dengan berbagai problematika, seiring dengan perkembangan zaman. Oleh sebab itu, sekalipun dengan berbagai pergumulan yang berat serta berbagai tantangan, pemekaran tetap dilaksanakan yang akhirnya dapat menghasilkan dampak positif yang dapat dirasakan oleh umat baik dari sisi pelayanan maupun dari sisi persekutuan.

Sebagai jemaat induk, seiring dengan waktu,  Jemaat Betahnia pun mengalami hal yang sama, dimana keberadaan gedung gereja sebagai tempat pergumulan umat sudah tidak dapat menampung lagi dinamika pelayanan, ditambah pula dengan kondisi struktur bangunan gedung yang sudah termakan usia.

Melalui persidangan Jemaat Bethania sebagai jenjang tertinggi organisasi bergereja, diputuskanlah untuk melaksanakan pengadaan suatu gedung gereja yang representatif guna dapat menampung semua aktivitas umat. Inilah yang menjadi dasar pikir serta alasan dilakukannya pembangunan baru gedung Gereja GPM Bethania. Pelaksanaan pembangunan gedung gereja yang baru ini juga merupakan bagian dari pelaksanaan pekerjaan pembangunan konsistori dan pastori jemaat yang telah dikerjakan sebelumnya.